Las tierras que hoy son Villamaría fueron habitadas en tiempos precolombinos por pobladores indígenas pertenecientes a las familias de los Quimbaya y Carrapa.

 

Después de la fundación de Manizales algunos pobladores decidieron cruzar el río Chinchiná e iniciaron la fundación de un poblado, levantaron chozas pajizas en lo que hoy es la
capilla. Víctor Castaño, José María Ceballos, Alberto Salazar, Benedicto Ángel, Ezequiel Arango, Eufrasio Jaramillo, Pompilio Hurtado, Antonio Cardona Valencia, Miguel Toro,
José María González, Domingo de Gregorio Gallejo y Mario Ceballos fundaron un pequeño caserío que en un principio dependió de Manizales con el nombre de Partido de Chinchiná,
hasta mediados de 1851 cuando los pobladores acordaron darle el nombre de "Aldea de Mana". Por carencia de agua los pobladores se vieron obligados a trasladar el caserío del
sector de la capilla a la margen derecha de la quebrada La Diana, donde creció de forma dinámica.

En septiembre de 1927 llegó a Villamaría la primera locomotora. Posteriormente la irrupción de los vehículos automotores hizo necesaria la construcción de la carretera
Villamaría-Manizales la cual se inició en 1931. En el periodo de 1965-1982 la desaparición del ferrocarril perjudicó la evolución del municipio.

En cuanto a fenómenos naturales, en 1952 una avalancha arrastró el puente entre Villamaría y Manizales el cual tenía por nombre el puente de Boyacá, el terremoto del 23 de
noviembre de 1979 causó estragos en numerosas viviendas y dejó en terribles condiciones el templo parroquial y el 5 de noviembre de 1985 la erupción del volcán Nevado del Ruiz.

 

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