En la primera sala  se pueden apreciar algunas de las láminas que se dibujaron a mano en la primera expedición botánica. En esta expedición se contaba con la experiencia de dibujantes quiteños y con la participación excepcional de Javier Matiz, un colombiano de Guaduas a quien Alexander Von Humboldt calificó como el mejor dibujante del mundo.

Tolima -Mariquita- 

En la primera sala  se pueden apreciar algunas de las láminas que se dibujaron a mano en la primera expedición botánica. En esta expedición se contaba con la experiencia de dibujantes quiteños y con la participación excepcional de Javier Matiz, un colombiano de Guaduas a quien Alexander Von Humboldt calificó como el mejor dibujante del mundo.

Aunque fue la primera expedición que se llevó a cabo en el Nuevo Reino de Granada, se había hecho una antes en Chile y una en Perú. La expedición botánica en el país fue dirigida por  José Celestino Mutis, de quien se encuentra un mural en uno de los edificios principales de la plaza de Mariquita. Fue la corona española quién financió la expedición.   

Se escogió como sede la villa de Mariquita porque era una ciudad importante en la época por el auge minero, pero sobre todo porque desde allí se tenía fácil acceso a cuatro pisos térmicos diferentes. El trabajo de mutis en la expedición comenzó en 1783 y terminó en 1790 en Mariquita. Las cajas con las investigaciones y los dibujos fueron llevados a España, y no fue sino hasta que el presidente Belisario Betancourt, a finales del siglo XX llegó al poder, que se decidió continuar con la labor que el sabio Mutis y sus ayudantes habían iniciado.
 
Fue entonces cuando la Caja Agraria adquirió la casa que había sido un convento, hace más de 400 años, para que fuera la sede de la segunda expedición botánica, tarea que inicialmente le encargaron a la Universidad del Tolima pero que terminó asumiendo la Universidad de Ibagué. La Fundación Segunda Expedición Botánica, que empezó en1983, continúa hasta hoy.

En la segunda sala se puede apreciar el primer herbario fotográfico, expuesto permanentemente que ha venido realizando la segunda expedición. Faltan todavía ochenta láminas por montar y la meta es hacer 4.000. Algunas de las especies que fueron dibujadas por la primera expedición ya desaparecieron.

En el patio trasero de la casa se puede encontrar  varias especies de árboles. Un ficus gigante, una manga mariquita de más de setenta años y un árbol de canela, cuyas hojas se pueden masticar.

El museo es de entrada libre y abre de 7-12 de la mañana y de 1- 4 de la tarde, de martes a domingo.